Boyundan kaynaklanan özofagus kanserlerinde güncel tedavi seçeneği radyoterapidir (ışınla tedavi) ve uygulanan cerrahiye eş sonuçlar vermekle beraber ameliyat risklerini ve komplikasyonlarını ortadan kaldırmaktadır. Diğer özofagus bölümlerinde ise tedavide cerrahi esastır. Ameliyat öncesi kitleyi küçülterek ameliyat edilebilirliğini arttıran kemoterapi (ilaçla tedavi ) radyoterapi ile uygulanabilmektedir. Yine ameliyat sonrası hastalığın tekrarlamasını önlemek amacıyla onkolojik tedavi verilmektedir.
Özofagus kanserleri için cerrahi tedavi, organın seyrettiği 3 bölgeyi de içermektedir. Göğüs kafesi açılarak özofagus çevre dokulardan temiz sınırlar içerecek şekilde özenle serbestlenir. Özofagus çevresinde ve solunum yolları çevresindeki lenf bezleri de temizlenerek çıkarılır. Bu aşamadan sonra karın bölgesine geçilir. Özofagus mideye açıldığı için mide serbestlenir ve özofagustan ayırılır. Kanserin yayılım yollarından ikincisi olan mide çevresindeki lenf bezleri de temizlenerek çıkarılır. Özofagusun çıkarılmasından sonra yeni bir yemek borusu yapmak amacıyla cerrahın tercihine göre mide veya kalın bağırsağın bir kısmı hazırlanır. Ameliyatın üçüncü aşamasında ise boyun bölgesinde yutak ile özofagus arası kesilir, yemek borusu tamamen vücut dışarısına çıkarılır ve karında hazırlanan mide veya kalın bağırsak boyun bölgesine çekilerek yutakla bağlanır.
Göğüs kafesinde özofagusun ana damarsal yapılar, solunum yolları ve kalp ile olan yakın anatomik ilişkisi; mide çevresindeki lenf bezlerinin temizlenmesi ve yeni bir yemek borusu yapılma gereksinimi; bu yeni yemek borusunun boyuna getirilip yeniden ağızla bağlanması sebebi ile özofagus kanserleri için uygulanan cerrahi çok ağır bir ameliyattır ve ciddi bir deneyim gerektirmektedir.
